Cơn bão số 3 diễn ra vào ngày 7/9/2024 đã gây thiệt hại nặng nề cho toàn Miền Bắc nói chung và Hải Phòng nói riêng, trong đó Trường MN Mỹ Đức bị thiệt hại nghiêm trọng về cơ sở vật chất của nhà trường: Nhiều cây xanh đổ, bảng hiệu bị rơi, tốc mái nhà hơn 300 m2 ở cả 2 điểm học Kim Châm và Tân Nam; Làm sập 2 bờ tường bao dài khoảng 100m điểm Kim Châm; Làm sập khu lán bếp; Gió to tốc mái nhà, nước tràn vào gây dột làm hỏng 8 phòng sàn gỗ (Kim châm 5 phòng; Tân Nam 2 phòng). Một số thiết bị bị hư hỏng nặng như: Ti vi, điều hòa lớp 5TA6; Hệ thống máy lọc nước công nghiệp bị đổ gây chập điện; Hệ thống dây mạng camera bị hỏng….
Quang cảnh sân trường tan tác sau Bão Yagi: